Étude théorique de l'électrophorèse de piégeage du complexe streptavidine-ADN.

Abstract

Dans le cadre du programme international d'analyse du genome humain, nombres d'efforts sont actuellement deployes pour augmenter le nombre de bandes qui peuvent etre lues par experience d'electrophorese. Ici, nous etudions comment le fait d'ajouter une grosse proteine neutre (la streptavidine) a un des bouts des molecules d'ADN va modifier leur dynamique quand on en fait l'electrophorese dans un gel. Un modele analytique base sur une equation de diffusion a ete developpe et montre des resultats qui sont en accord qualitatif avec les simulations numeriques et avec les experiences. Ce modele est le seul qui permet d'etudier le coefficient de diffusion, ce qui nous permet d'evaluer le facteur de resolution. En plus de ce modele theorique, des simulations ont ete effectuees et nous ont permis de mieux comprendre comment les processus de piegeage et de depiegeage vont influencer la dynamique du systeme en champs constants et en champs pulses. Nous prevoyons ainsi certains effets anomaux qui pourront etre verifies sous peu. De plus, les resultats de nos simulations nous suggerent de nouvelles methodes pour augmenter l'efficacite de l'electrophorese de piegeage.