The Abundance of Processed Pseudogenes Derived from Glycolytic Genes is Correlated with Their Expression Level

Description
Title: The Abundance of Processed Pseudogenes Derived from Glycolytic Genes is Correlated with Their Expression Level
Authors: McDonell, Laura
Drouin, Guy
Date: 2012-04-25
Abstract: The abundance of processed pseudogenes in different vertebrate species is known to be proportional to the length of their oogenesis. However, this hypothesis cannot explain why, in a given species, certain genes produce more processed pseudogenes than others. In particular, one would expect that all genes of the glycolytic pathway would generate roughly the same number of processed pseudogenes. However, some glycolitic genes generate more processed pseudogenes than others. Here, we show that there is a positive correlation between the abundance of processed pseudogene generated from glycolytic genes and their level of expression. The variation in expression level of different glycolytic genes likely reflects the fact that some of them, such a GAPDH, have functions other than those they play in glycolysis. Furthermore, the age distribution of GAPDH-processed pseudogenes corresponds to the age distribution of LINE1 elements, which are the source of the reverse transcriptase that generates processed pseudogenes. These results support the hypothesis that gene expression levels affect the level of processed pseudogene production.
L’abondance des pseudogènes remaniés dans différentes espèces vertébrées est proportionnelle à la durée de l’ovogenèse chez ces espèces. Cependant, cette hypothèse ne peut expliquer pourquoi, dans une espèce donnée, certains gènes produisent plus de pseudogènes remaniés que d’autres. En particulier, on pourrait s’attendre à ce que tous les gènes de la voie glycolytique généreraient des nombres similaires de pseudogènes remaniés. Toutefois, certains gènes glycolytiques génèrent beaucoup plus de pseudogènes remaniés que d’autres. Ici, nous montrons qu’il y a une corrélation positive entre l’abondance des pseudogènes remaniés générés à partir des gènes de la glycolyse et leur niveau d’expression. La variation du niveau d’expression de différents gènes glycolytiques reflète probablement le fait que certains d’entre eux, tel celui codant pour GAPDH, ont des fonctions autres que celles qu’ils jouent dans la glycolyse. Par ailleurs, la répartition par âge des pseudogènes remaniés GAPDH correspond à la répartition par âge des éléments LINE1 qui sont la source de la transcriptase réverse qui génère les pseudogènes remaniés. Ces résultats sont consistants avec l’hypothèse que les niveaux d’expression des gènes affectent leur niveau de production de pseudogène remaniés.
URL: http://hdl.handle.net/10393/22781
DOI: 10.1139/g2012-002
CollectionBiologie // Biology
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